根室北部広域ごみ処理施設では、環境に配慮し公害のない安全な施設運営を心がけるため、関係団体等との間に厳しい目標数値を掲げた「公害防止協定」を締結し、運転中の排ガスデータを常時表示する電光掲示板を設置しています。
| 区分 | 公害防止 協定基準値 | 国家 基準値 | 単位 |
| 窒素酸化物（NOx） | １５０ | ２５０ | ppm |
| 硫黄酸化物（SOx） | １００ | ８３００ | ppm |
| 一酸化炭素（CO） | ３０ | １００ | ppm |
| 塩化水素（HCl） | １００ | ４３０ | ppm |
| ばいじん（DUST） | ２０ | １５０ | mg/m3n |
| ダイオキシン類 | ０．１ | ５ | ng-TEQ/Nm3 |